Повече от половината от обществените поръчки, възлагани от Агенцията по храните, са направени в нарушение на закона, сочи одитен доклад на Сметната палата за периода от 2011-а до средата на 2013-а година. В Агенцията са открити близо 276 хил. лв. с неизяснен произход.
В три от общо четири проведени конкурса за назначаване на държавни служители в централното управление на Агенцията по храните конкурсната процедура е започнала с нарушение на нормативните изисквания, тъй като е открита незаета длъжност, са констатирали от Сметната палата. В Агенцията е допуснато и неправомерно отдаване на имоти - ветеринарни лечебници, които са държавна собственост, са предоставени безвъзмездно за ползване на частни ветеринари без правно основание. При шест от проверените 11 процедури за възлагане на обществени поръчки не са спазени изискванията. При изпълняваните от Агенцията европейски програми за контрол на заболяванията, договори за доставки по проектите са сключени с единствен участник в процедурата за възлагане на обществена поръчка, с което е допуснато договорните цени да са значително по-високи от обявената прогнозна стойност. Освен Сметната палата и Министерството на земеделието прави финансова проверка в Агенцията по храните. Според министъра реултатите от нея трябваше да са факт веднага след изборите. От агроведомството обаче отказват информация по темата.