Турският „Бешикташ“ привлече Пепе като свободен агент, след като договорът му с „Реал“ (Мадрид) изтече. Португалският защитник не успя да постигне нов договор с „белия балет“ след десетилетие на „Сантяго Бернабеу“. Той спечели по три пъти Ла Лига и Шампионската лига.
34-годишният Пепе бе основен играч на „Реал“, след като се присъедини от „Порто“ през 2007 г., като изигра 334 мача за клуба. Той подписа с „Бешикташ“ за две години с опция за продължаването му с още една.