Първо действие
Старият Доктор Фауст работи в кабинета си през нощта. Мислите му са мрачни. Цял живот се е стремил да разгадае тайните на Всемира, но ето че вече е на преклонна възраст, а не е успял. В сумрака слънчев лъч известява настъпването на новия ден. Фауст решава да сложи край на живота си и посяга към чаша с отрова. В отчаянието си той проклина земята, мечтите и Бог. Появява се Мефистофел, който предлага на изплашения старец богатство, власт и слава. Но Фауст пожелава младост. Условието е: тук на земята Мефистофел да бъде покорен слуга на доктора, а в ада душата на Фауст ще принадлежи на дявола. Пред очите на колебаещия се сатаната представя чудно видение – прекрасната Маргарита. Старият учен подписва договора, изпива до дъно чашата, подадена му от Мефистофел, и се превръща в красив млад мъж.
Второ действие
Празничен ден на площада. Сред шумната тълпа от граждани и студенти са Валентин и сестра му Маргарита. Валентин е угрижен, защото трябва да замине на война и да остави сестра си съвсем сама. Приятелите Зибел и Вагнер му обещават да закрилят девойката. Появява се Мефистофел и привлича вниманието на всички. Непознатият предсказва съдбата на Вагнер, а на Зибел казва, че всяко цвете, откъснато от ръката, му веднага ще повяхва. Неочаквано Мефистофел вдига тост в чест на Маргарита. Валентин изважда шпагата си, но тя се счупва в ръцете му. Младежите са поразени – пред тях е истински демон. С шпагите си те правят кръстен знак и Мефистофел е принуден да се оттегли. В това време Фауст копнее за среща с Маргарита. Той се опитва да заговори красивата девойка, но тя отклонява ухажването му. Фауст е очарован, но и огорчен. Маргарита го е отхвърлила. Мефистофел обещава да помогне.
Трето действие
Пред дома на Маргарита e дошъл Зибел с букет цветя, които да подари на своята любима, но те увяхват в ръцете му. Това е проклятието на Мефистофел. Зибел потапя ръцете си в светена вода и бързо откъсва свежи цветя. Оставя ги на прага и си отива. В градината са и Фауст и Мефистофел, които също оставят подарък за Маргарита – елегантно ковчеже със скъпоценни украшения. Девойката излиза да полее цветята. Тя е развълнувана от срещата с непознатия младеж. Забелязала букета на Зибел, Маргарита е привлечена и от тайнственото ковчеже. Тя не може да устои на скъпия подарък и се любува на отражението си в малкото огледалце на дъното на ковчежето. В градината идва Марта. Съседката е уверена, че подаръкът е от тайнствения непознат. В потвърждение на думите ѝ се появяват Фауст и Мефистофел. Демонът носи на Марта лошата вест, че мъжът ѝ е починал, но веднага след това започва да я ухажва. Лекомислената кокетка се отправя на разходка с Мефистофел, а Фауст и Маргарита най-накрая остават сами. Докторът пламенно говори на девойката за любовта си, докато тя къса едно по едно листенцата на малка маргаритка и повтаря: „Обича ме, не ме обича...”, докато не завърши с: „Обича ме!”. Все пак Маргарита устоява на опитите му да я съблазни и влиза в дома си. Мефистофел убеждава Фауст да остане и когато Маргарита се появява на прозореца, с поредна демонична маневра го издига до балкона й. След миг Маргарита е в прегръдките на Фауст.
Четвърто действие
Любовта на Маргарита ѝ е донесла само страдания. Целият град се надсмива над бременното момиче, изоставено от Фауст. Само Зибел й е останал верен. В божия храм Маргарита се опитва да намери утеха, но вместо това чува страшните думи на Мефистофел: „От небето си отхвърлена, на ада ще се предадеш”.
Валентин се връща от бойното поле, щастлив, че скоро ще види най-близките си хора и радостно бърза към дома си. Зибел е смутен и го моли да бъде добър с Маргарита. В този момент идват Фауст и Мефистофел. Надсмивайки се над чувствата и угризенията на доктора, Мефистофел пее саркастична серенада пред дома на Маргарита. Вбесен, Валентин излиза с извадена шпага. Съблазнителят на сестра му трябва да бъде наказан. Но в този дуел Фауст е защитен от демоничната сила на Дявола. Схватката е кратка, Фауст пронизва смъртоносно Валентин. Братът не може да прости на сестра си „падението”. Той я проклина и ѝ предсказва позорна смърт.
Пето действие
В глухо и скалисто място на планината Брокен са се събрали вещици и духове, за да отпразнуват Валпургиевата нощ. Видът им плаши Фауст. Мефистофел за миг променя обстановката. В разкошна зала докторът се оказва на богата трапеза в компанията на прочути развратници и куртизанки от минали векове. Но тъкмо отпива от чашата с вино, пред него се явява нежният образ на Маргарита, но с кървава следа на шията. Фауст отново изгубва покой и избягва от Мефистофел.
В последната картина Маргарита е затворена в тъмница, защото след като е родила детето на Фауст, е изгубила разсъдъка си и е умъртвила новороденото. Сега я очаква смъртно наказание. В тъмнината се прокрадват Фауст и Мефистофел. Девойката може да бъде спасена, ако ги последва преди изгрев слънце. Чувайки гласа на любимия, Маргарита идва на себе си. Тя припомня на Фауст най-хубавите им мигове заедно, но после среща демоничния поглед на Мефистофел и уплашена, отказва да ги последва. Към небесните ангели Маргарита отправя гореща молба за спасение на душата си и отблъсва Фауст. „Тя е проклета” – казва Мефистофел, но гласовете на ангелите са по-силни: „Спасена е!”. С настъпването на деня демоничната сила на Дявола отслабва и Мефистофел изчезва. Маргарита е мъртва.