Пещерата е изградена от две основни галерии. По по-дългата североизточната част протича подземна река, а проходът в северозападната посока е дълг около 710 метра.
Самите галерии на пещерата са високи и широки, а по стените ясно може да се види как водата е дълбала в скалата през вековете. Обикновено реката в пещерата се оттича през карстовия извор наречен Житолюб, но свидетели споделят, че при много обилни валежи и засилено снеготопене по време на пролетта нивото се покачва дотолкова, че тя прелива през входа на пещерата.
В Темната дупка много напречни галерии се съединяват помежду си, като цялата система е разположена на четири етажа и един все още неразкрит, в който се предполага, че тече подземната река. Именно от нея с водопровод се захранва гара Лакатник с прясна вода.
Още за пещерата Темната дупка - чуйте от Божидар Янев.